Септик является самым простым в конструкции очистным сооружением. Поэтому в них заливать канализационные стоки для очищения можно сразу же по приёмке. Самопроизвольно брожение будет протекать в кислом режиме. Чтобы придать бродильному процессу щелочной, как более совершенный, характер, септик должен быть загружен, аналогично двухъярусным отстойникам, созревшим осадком. Источником такого осадка могут быть нормально работающие двухъярусный отстойник или другой септик. Загружается каждая камера септика в соответствии с её объемом.
Во время пуска и наладки контролируется работа сооружения. Замеряются такие величины, как температура сточной жидкости, высота осадочного слоя в камерах. Ежемесячно определяются водородный показатель осадка, влажность и концентрация нерастворимых веществ в поступающей в септик воде и в выводимой из него.
Удаляется осадок из сооружения с временным промежутком от 6 до 12 месяцев. Периодичность зависит от условий климата. Эвакуация созревшего материала проводится насосами. Агрегаты используются водоотливные центробежной и диафрагменной конструкций. Для работы наиболее приемлемыми в санитарном отношении являются самовсасывающие насосы. Удаляется осадок не весь, оставляется около четверти. Остаток должен способствовать протеканию процессов в следующей партии загружаемых сточных вод в нормальном режиме.
При эксплуатации септика нужно постоянно поддерживать установленный в проекте режим его работы (нагрузку по сточной жидкости), своевременно удалять переработанный осадок, контролировать состояние входных и выходных трубопроводов, вентиляционных каналов, крышек люков и других элементов конструкции.
Перегруженный сточной водой септик не может обеспечить работу в нормальном режиме. Результатом этого будет снижение качества очистки обрабатываемых канализационных стоков. Поэтому необходимо постоянно вести наблюдение за работой септика для своевременного принятия мер при выходе его из нормального режима.